کار اصلی: کنترل فوزایوم الترناریا (fusarium alternaria) و ‌تا حدودی فیتوفترا (phytophthora) و دیگر قارچ‌های خاکزی با توانایی کنترل سیاهک پنهان و آشکار برای گندم

 

باکتری‌های خاکزی و غیربیماری‌زا با توانایی آنتاگونیستی قارچ‌های بیماری‌زای گیاهی و جلوگیری از بیماری، یک جایگزین مناسب برای قارچ‌کش‌های شیمیایی هستند و از مهم‌ترین عوامل مؤثر بر قراری و ایجاد پایداری در سیستم‌های کشاورزی و زراعی می‌باشند.

عامل موثر بی ام باکتری باسیلوس متیلوتریفیکوس (bacillus methylotrophicus) هست. باسیلوس ها می توانند هم به طور مستقیم  و از طریق حمله به میسلیوم قارچ ها و هم به طور غیر مستقیم و از طریق تولید متابولیت های ضذ قارچی مانند اعضای گروه ایتورین، از رشد و تکثیر قارچ های بیماریزای گیاهی ممانعت می کنند.

آنتی بیوتیک های لیپوپپتیدی تولید شده توسط باسیلوس متیلوتریفیکوس می‌توانند از رشد طیف وسیعی از قارچ های بیماریزای گیاهی از طریق واکنش با استرول موجود در غشا قارچ و ایجاد منافذی در غشا و افزایش نفوذپذیری آن که در نهایت منجر به تخریب غشا و مرگ قارچ می گردد، به خوبی ممانعت نمایند.